המכון רואה לעצמו מטרה להשקיע את מירב המאמצים על מנת לסייע למתמחה להשלים את תהליך ההכשרה ברוח הפסיכולוגיה האנליטית ולהתקבל כחבר במכון ובאגודה הבינלאומית בסיום הכשרתו .
עם זאת ייתכנו מצבים מיוחדים בהם ניתן יהיה להפסיק הכשרת מועמד . דרישה להפסקת הכשרה יש להגיש על פי העניין לאחד מהיו"רים של הוועדות הבאות: ועדת אתיקה, ועדת הוראה וועדת הסמכה.
בפני ועדת אתיקה ניתן להעלות חשש להתנהגות לא נאותה ביחסים שבין מטפל ומדריך שלו ויחסים של המטפל המודרך עם המטופל שלו, ביחסים בין עמיתים או מול מורים או בכל עניין אחר הנוגע לחריגות מהקוד האתי של המכון או האיגוד הבינלאומי.
בפני ועדת ההוראה ניתן להעלות חשש לקשיים משמעותיים בהבנה ואינטגרציה של הפסיכולוגיה האנליטית, היעדרויות משמעותיות מתכניות הלימודים וכדומה.
בפני ועדת הסמכה ניתן להעלות חשש לאי עמידה בתקנון ההכשרה, דוגמת הפסקות משמעותיות באנליזה האישית, אי הגשת עבודות או כישלונות חוזרים במבחני התכנית עליהם דווח לקנדידט.
יו"ר הועדה המתאימה יחליט אם לקדם את דרישת ההפסקה או לדחות אותה. במידה והדרישה תימצא ראויה יעביר אותה למלווה של הקנדידט אשר יזמן את הקנדידט בהקדם לדון בה.
בסוף הפגישה ידווח המלווה ליו"ר הוועדה על תוצאות הפגישה. יו"ר הוועדה יביא את הדרישה להפסקת ההכשרה לדיון בוועדה ובסופה יוחלט על הפסקה או על העברת הנושא להצבעה בפורום חברי המכון. הקנדידט יוזמן להשמיע את דבריו בפני הוועדה לפני ההחלטה .
סמכות הערעור על החלטת הוועדה בידי נשיא המכון. הנשיא ידון בערעור או יזמן ועדה עד הוק על פי יוזמתו.
החלטה סופית על הפסקת הכשרה תתקבל על ידי רוב חברי המכון בישיבה האירגונית.